U proteklom je šestogodišnjem razdoblju od samog donošenja carinskih propisa naše zakonodavstvo kontinuirano usklađivano s carinskim zakonodavstvom i praksom država EU, zbog dosljednijeg usklađenja s vrijedećim odredbama europskih carinskih propisa i prakse, te s njihovim u međuvremenu prihvaćenim izmjenama. Od donošenja naš je Carinski zakon prošao nekoliko izmjena, od kojih su značajnije bile izmjene 2003. te posljednja izmjena ovoga zakona. Posljednja izmjena tog Zakona je bila u prosincu 2005. kojom su stvoreni preduvjeti za pristupanje zajedničkom provoznom postupku država EZ i EFTA, te preduvjeti za provedbu novog kompjuteriziranog provoznog postupka (NCTS), te dodatno usklađivanje koje se odnosi na osnovne pojmove, obvezujuća mišljenja, preciznije definiranje pojma end-use, carinske postupke s gospodarskim učinkom i određenje dužnika i duga.
Navedena izmjena djelomice obuhvaća i Uredbu EZ 648/05 od 13. travnja 2005. godine o izmjenama Carinskog kodeksa, u dijelu koji se odnosi na nazive i ovlasti ustrojstvenih jedinica carinske službe, pobliže određivanje pojma "carinske provjere" te uvođenje pojmova "rizik" i "upravljanje rizikom", uspostavu statusa "ovlaštenog gospodarskog subjekta" i utvrđivanje kriterija za stjecanje toga statusa.
U ovom trenutku se ocjenjuje da će u slučaju Carinskog zakona do punopravnog članstva RH biti potrebna još dva sadržajna usklađenja carinskog zakonodavstva. Kad se radi o Uredbi za provedbu Carinskog zakona potrebno je opsežnije usklađivanje, pa se očekuje da će isto uslijediti u više navrata, a prvo još tijekom 2006. Svaka izmjena ili donošenje novih akata, prilagođenih Moderniziranom carinskom kodeksu i provedbenom aktu, ovisna je upravo o izmjenama europskog carinskog zakonodavstva.
